Năm 1648, Jan được Quốc hội Ba Lan bầu ra để kế vị người anh cùng cha khác mẹ trên ngai vàng Ba Lan, hiệu là Jan II Kazimierz. Đầu triều đại, quân Thụy Điển và quân Nga liên tiếp đánh vào quân của Khối thịnh vượng chung. Để cổ vũ cho cuộc phản công chống giặc, nhà vua Jan II đi đến nhà thờ Latinh ở Lwów (tháng 4/1656) để cầu nguyện, thề sẽ bảo vệ đất nước đến cùng. Lời thề của nhà vua đã khích lệ quân dân Khối thịnh vượng chung đẩy lui thành công các cuộc tấn công của quân Thụy Điển và quân Nga (1654 - 1657), nhưng đất nước bị tàn phá nặng nề và Nghị viện thâm hụt kinh phí.

Sau các cuộc chiến tranh, Khối thịnh vượng chung tụt dốc thảm hại: Dịch bệnh lan tràn làm dân số giảm từ 11 xuống còn 7 triệu người. Số lượng cư dân của Kraków và Warsaw giảm từ hai phần ba xuống còn một nửa. Thành phố Vilnius, thủ phủ của Đại Công tước Litva, đã bị đốt cháy hoàn toàn và phá hủy bởi những kẻ xâm lược. Cuộc nổi dậy Khmelnytsky giết hại nhiều người Do Thái ở Ukraine. Kinh tế giảm sút nghiêm trọng: Năng suất nông nghiệp giảm đáng kể do tình trạng thiếu lao động, sự phá hủy của nhiều công trình nông nghiệp và nông cụ, và mất nhiều gia súc. Mạng lưới hội chợ thương mại quốc tế năng động cũng sụp đổ. Xuất khẩu ngũ cốc, đã đạt đến đỉnh điểm vào đầu thế kỷ 17, không thể khắc phục sự cân bằng thương mại không thuận lợi với Tây Âu. Nhiều kho báu nghệ thuật quý giá bị người Thụy Điển tham gia cướp bóc có hệ thống.

Sau cuộc khủng hoảng này, Khối thịnh vượng chung lại được phục hồi nhưng không còn mạnh mẽ như trước. Ngân sách nhà nước trong nửa sau của thế kỷ lên tới 10-11 triệu złotys, chín phần mười của nó đã phục vụ cho mục đích quân sự, so với một nửa ở Brandenburg và hơn ba phần năm ở Pháp và Nga. Cùng với đội quân mạnh mẽ, các quý tộc muốn có chiến tranh mà không muốn phòng thủ. Các quý tộc hài lòng khi nhà vua đặt sự bảo vệ đất nước trong tay đức Thánh Maria[6].

Năm 1660, Jan II buộc phải từ bỏ yêu sách của mình lên ngai vàng Thụy Điển và thừa nhận chủ quyền của Thụy Điển đối với Livonia và thành phố Riga ở Latvia ngày nay.

Jan II đã kết hôn với người vợ góa của anh trai mình, Marie Louise Gonzaga (Ba Lan: Maria Ludwika) và họ có hai con: John Sigismund Vasa (chết sau khi sinh vài tháng, 1652) và Maria Anna Theresa Vasa (chết khi mới 1 tuổi). Marie Louise đột nhiên qua đời vào năm 1667 làm nhà vua suy sụp hoàn toàn.